امام خمینی(ره) در رابطه با معنی شجرة ممنوعه می‌فرمایند:
«پس خطیئه آدم و آدم‌زاد‌گان را مراتب و مظاهری است. چنانچه اول مرتبة آن توجه به کثرات اسمائیه و آخر مظهر آن اَکْل از شجرة منهیه است که صورت ملکوتی آن، درختی است که در آن انواع اثمار و فواکه است، و صورت مُلکی آن، طبیعت و شئون آن است، و حبّ دنیا و نفسْ که اکنون در این ذریه است از شئون همان میل به شجره و اَکل آن است». (42)
بعد می‌فرمایند:
«خطای آدمی این بود که به کثرت اسماء متوجه شده و از کثرت اسماء متوجه به لوازم اسماء شده و از محبوب، نظر را قطع کرد، و این توجه به غیر، در پیشگاه سلاطین مکروه است، به‌خصوص که خلاف قانون حبّ و محبت باشد. لذا شجره؛ شجرة کثرات بود و اصل آن شجره، این عالم طبیعت و هیولای اولی بود که تعینات در آن استقلال پیدا کرده و شرک‌ها به‌وجود آمده است و عدم‌نماها خود را نمایان کرده، باعث غفلت وی از آنچه که باید مدّ نظر قرار دهد شد. و شاید مراد از شجرة منهیه همین باشد که مورد نهی واقع شده بود و شیطان آدم را به این کثرت و دنیا هدایت کرد و نظر او را از محبوب، انحراف و انصراف داد ... آدم به کیفر نظر به عالم طبیعت إهباط شد تا از این کثرات سیر کرده و بداند که این کثرات لایق توجه نبوده و این جهنم است ...».(43)
و در جای دیگر می‌فرمایند:
«همین بود که نظر به این مرتبة کثرت کرد و به مجازات این نظر، از «جمعی» گرفتار «فرقت» شد تا هبوط از جنّت وصل، به دار فرقتِ دنیا حاصل گردید».(44)
ملاصدرا(ره) می‌گوید:
«نزول او [آدم] از نشئه غیبیه و هبوط نفس از محل اعلای ارفع به ارض سفلای طبیعت و ردّ او به اسفل سافلین از احسن تقویم، برای سلوک اختیاری الی‌الله و عروج به معراج قرب و وصول به فناء‌الله و جناب ربوبیت است که غایت خلقت و نهایت مقصد اهل‌الله است، «رَحِمَ الله امْرَاً عَلِمَ مِنْ اَینَ وَ فِی اَینَ وَ اِلی اَینَ».(45)
پس به تعبیر حضرت امام خمینی(ره)، اولا: هبوط یک نحوه تغییر منظر و تغییردادن جهت جان از وحدت به سوی کثرت است. ثانیا: سمت و سوی سلوک اختیاری به سوی حضرت الله است، تا انسان با پای اختیار خود به مقام فناء الی‌الله نایل شود و آن مقام را سرمایة ابدی خود نماید.
به همین جهت باطن كثرات دنیا در آن عالم، صورت شجره است. یعنی اگر عالم كثرت در عالم برزخ بر ما ظهور كند، به صورت شجره است.
شما می‌دانید كه هر موجودی در عالم مُلك یا ناسوت یك وجه «عنداللهی» دارد و یك وجه «عندالخلقی». خداوند در آخر سوره یس می‌فرماید: «فَسُبْحَانَ الَّذِی بِیَدِهِ مَلَكُوتُ كُلِّ شَیْءٍ» منزه است خدایی است كه ملكوت هر چیزی در دست اوست. هر چیزی كه در این عالم هست جنبة ملكوتی و صورت ملكوتی آن در دست خدا است. مثل من و شما كه یك جنبه مُلكی داریم كه همین بدن ما است و از این طریق همدیگر را می‌بینیم، چون این وَجه خلقی ما است. ولی یك جنبه غیر مادی و مجرد داریم كه تمام حركات و سكنات این بدن ما تحت قبضه آن جنبة ملكوتی ما است، به طوری كه مثلاً اگر«نفس» یا «مَنِ» ما اراده كند، دست ما بالا می‌آید. حال آن جنبة ملكوتی ما، در قبضه خداوند است، و همین كه خواست بدن ما را حركت دهد، یك میلی در نفس ما ایجاد می‌كند و بدن ما به حركت می‌آید. طبق آیه فوق باید متوجه باشیم که ملكوت تمام اشیاء در دست خدا است.
با توجه به این نکته که اشیاء دارای جنبه ملكوتی هستند و آن جنبة ملكوتی، باطن و حقیقت جنبه‌های ناسوتی یا مُلكی می‌باشد، عنایت داشته باشید كه كلّ عالم ماده نیز یك وجود غیبی و ملكوتی دارد كه در عالم ملكوت به صورت «شجره» است. پس اگر كسی به عالم ماده نزدیك شود، صورت برزخی عمل او نزدیك‌شدن به شجره است كه عبارت بود از عالم كثرت. از طرفی اگر كسی به عالم كثرت نزدیك شود، عمرش تلف خواهد شد، چون از «اَحَد» دور می‌شود و لذا حضرت پروردگار به هر زن و مرد فرمود: «وَ لاَ تَقْرَباَ هَذِهِ الشَّجَرَةَ» به این شجره که جنبة ملکوتی عالم کثرت است نزدیک نشوید، چون از حضرت اَحد دور می‌شوید. از طرفی «اَحد»، صفت خالق عالم است که عین وجود است و به مخلوقات وجود می‌بخشد. پس هر كس به كثرت نزدیك شود از هستی و وجود فاصله گرفته و به نیستی و وَهمیات امید بسته است. چون در برهان صدیقین روشن شد كه خداوند عین وجود است. از طرفی هم می‌دانیم كه خداوند «اَحد» است و هیچ‌گونه كثرت در ذاتش نیست. پس هر چه از «اَحد» فاصله بگیریم و به كثرت‌ها نزدیك شویم، از عین وجود فاصله گرفته و به عدم و نیستی و پوچی و بطلان گرفتار شده‌ایم. خیالات و وَهمیاتمان، جدایی از «اَحد» را «وجود» می‌نمایاند و به همان اندازه كه خیالات است و حقیقت ندارد، دل بستن به آن‌ها یعنی دل بستن به سراب و گرفتار به پوچی‌شدن.