قرآن می‌فرماید: «وَ اِنْ كُنْتُمْ فی رَیْبٍ مِمّا نَزَّلْنا عَلی عَبْدِنا فَأْتُوا بِسُورَةٍ مِنْ مِثْلِه»(40) اگر در معجزه‌بودن آنچه بر بنده‌ی ما نازل شده شك دارید، سوره‌ای مانند آن بیاورید. مبنای برهان این است كه او یا به‌واقع پیامبر است و این آیات از طرف خدا بر او نازل شده و یا پیامبر نیست و با استعدادهای بشری‌اش این آیات را تنظیم کرده است. در حالت دوم این می‌شود که از آن جهت كه بشر است این آیات را آورده، پس شما هم كه بشر هستید، مسلم اگر همه‌ی شما جمع شوید می‌توانید یك سوره مثل سوره‌های این قرآن بیاورید و اگر نمی‌توانید، معلوم می‌شود كه او از جنبه‌ی بشری‌اش به چنین توانایی نرسیده، پس او پیامبر خدا است.
در رابطه با معجزه‌بودن قرآن نمونه‌هایی مورد اشاره قرار می‌گیرد:
1 - از نظر فصاحت و بلاغت: قرآن از نظر هندسه‌ی كلمات و نظم خاصی که کلمات دارند، نه سابقه دارد و نه لاحقه، به طوری‌که نه تا آن زمان بشریت با این ترکیب و نظم سخن گفته و نه بعد از آن انسان‌ها توانسته‌اند از آن تقلید کنند و با آن نظم و هندسه سخن بگویند. قرآن دارای آهنگ خاصی است که در عین دارا بودن مفاهیم معنوی، بدون تكلّف و تصنّع، عالی‌ترین معانی را در عالی‌ترین قالب‌های لفظی اظهار می‌کند به طوری‌که معلوم نیست الفاظ تابع معانی‌اند و یا معانی تابع الفاظ.
قرآن در زمانی به صحنه آمـد و مبـارز طلبیـد كه اوج تكامـل فصاحت عرب بود. از آن عجیب‌تر بعد از آمدن قرآن نیز سخن رسول خدا(ص) و حضرت علی(ع) در عین فصاحت زیادی که دارد، اصلاً شكل و هندسه‌ی قرآن را ندارد. و لذا این مبارزه طلبی هنوز هم به قوت خود باقی است که اگر می‌توانید یک سوره مثل سوره‌های قرآن بیاورید. مضافاً این‌که تا حال كسی نیامده بگوید قبل از قرآن چنین كلماتی به این شكل در فلان كتاب بوده است. همچنان‌كه كسی نیامده بگوید من مثل آن را آورده‌ام و اتفاقاً هر قدر انسان فصیح‌تر باشد بیشتر متوجه می‌شود كه فصاحت قرآن از نوع فصاحت بشر نیست. همچنان‌كه جادوگران متوجه شدند كار حضرت‌موسی(ع) از نوع سحر نیست.
2- از نظر عُلوّ معنی و محتوی: بی‌گمان مطمئن‌ترین راه برای شناخت حقیقت قرآن، رجوع به متن قرآن و تأمل در توصیف‌ها و تعبیرهای آن در باره‌ی خود می‌باشد، توصیف‌هایی از قبیل «هُدیً للنّاس»، «هُدیً للمتّقین»، «تبیاناً لكلّ شَیئ»، «حكیم» و «فرقان» که همه حکایت از آن دارد که وقتی می‌فرماید: اگر می‌توانید مثل آن را بیاورید، یعنی آن چیزی که می‌آورید مثل قرآن از حیث هدایت‌گری و آوردن معارفِ هدایت‌گر و از حیث مطالب حكمت‌آمیز، همسنگ دانش‌های قرآن باشد و از این زاویه بشر را به آوردن چنین اندیشه‌هایی در حد قرآن دعوت می‌كند.
جامعیت و كمال قرآن بدین معنی است كه قرآن مجید تمامی مواد و مصالح علمی جهت رسیدن انسان به سعادت فردی و اجتماعی را دارا است و با معارف خود رابطه‌ی انسان با «خدا»، «خود»، «انسان‌های دیگر» و با «جهان» را تبیین می‌كند و همه‌ی این معارف دارای سطوح و لایه‌های متكثر هستند و در آن برای هرموضوعی بطن‌ها وجود دارد. در پایین‌ترین سطح با مردم عادی صحبت می‌كند و هرچه مخاطب خود را دقیق بیابد، بطنی از بطون خود را برای او می‌گشاید و آوردن سوره‌هایی با این حدّ از علوِّ در معانی به هیچ‌وجه در حدّ بشر نیست.
انسانی که قرآن طرح می‌کند وسعتی از قبل از تولد تا بعد از مرگ دارد و دستورات قرآن همه‌ی ابعاد این انسان را با همه‌ی دقایق روحی‌اش فرا گرفته است، در حالی كه انسان معرفی شده از راه حس و اندیشه‌ی بشری در میان دو پرانتز (تولد) تا (مرگ) قرار دارد.
در قرآن همه‌ی اصولِ معارف قرآن از توحید استنتاج شده و سپس گسترش یافته و به صورت اخلاق و عقاید و احكام در آمده به این معنی که هر حكمِ فرعیِ آن اگر تحلیل شود به «توحید» باز می‌گردد و توحید نیز اگر تفریع و باز شود، همان احكام و مقررات فرعی را تشكیل می دهد. می‌فرماید: «كِتابٌ اُحْكِمَتْ ایاتُهُ ثُمَّ فُصِّلَتْ مِنْ لَدُنْ حَكیمٍ خَبیر»(41) قرآن كتابی است با آیات محكم که سپس به صورت تفصیل درآمده، یعنی این كتاب با آیات متعدد دارای غرض واحدی است كه وقتی به تفصیل در آید، در یك مورد به صورت «اصول دین» و در مورد دیگر به صورت موضوعات «اخلاقی» در می‌آید و در جای خود به صورت احکام شرعی ظاهر می‌شود، به این معنی که هرچه نزول كند و از اصل به فرع برسد از آن غرض اصلی خارج نمی‌شود و از مسیر توحیدی خود عدول نمی‌کند. به عنوان مثال: توحیدِ خدا در مقام اعتقاد عبارت است از اثبات «اسماء حسنی» و «صفات علیایِ» الهی و در مقام اخلاق عبارت است از دارا شدن اخلاق كریمه مثل رضا، شجاعت و دوری از رذایل و همان توحید در مقام اعمال عبارت است از به جاآوردن اعمال شایسته و پرهیز از محرمات و رعایت حلال و حرام. همه‌ی این‌ها به توحید برمی‌گردد و انسان را به توحید می‌رساند زیرا آیات قرآن یك جهت وحدت دارند و یك جهت كثرت، از جهت صدور از طرف خدا به سوی بشر، سیری از وحدت به سوی كثرت را دارا می‌باشند ولی از جهت سیر از طرف انسان به سوی خدا، سیر از كثرت به وحدت را دارا هستند.
قرآن كتاب انسان شناسی است، اما آن‌گونه كه خدا انسان را آفریده و در همان راستا انسان را تفسیر می‌كند تا انسان از خود بیگانه نشود، به طوری‌که در تمام فرهنگ بشر– و نه در فرهنگ انبیاء – انسان در حدّ سوره‌ی العصر هم مطرح نیست، یعنی اندیشه‌ی بشر نسبت به انسان به اندازه‌ی تبیینی که یك سوره‌ی كوچك قرآن در مورد انسان دارد گسترش ندارد.
قرآن پیوند با خدا را در همه‌ی شئون زندگی جریان می دهد و انسان را در حد یك باور تئوریك متوقف نمی كند، بلكه خدای حاضر و محبوب را معرفی می‌نماید كه می‌توان به او نزدیك شد و با او انس گرفت. مرز ایمان و شرک در آن است که انسانِ موحّد توانسته است حقیقت وَحدانی عالم را در هر مخلوقی بیابد و انسان مشرک پدیده‌های عالم را مستقل از حقیقت وحدانی می‌نگرد.
3- اعجاز قرآن از جهت نبودن اختلاف در آن: قرآن در طول 23 سال بر پیامبر خدا(ص) نازل شد، آن هم در شرایط اجتماعی و روحی متفاوتی که برای رسول خدا(ص) پیش می‌آمد، بدون آن که رسول خدا پیش‌نویسی داشته باشد و یا پس از نزول آن به حكّ و اصلاح آن بپردازند با این همه هیچ‌گونه تناقض و اختلافی در میان مطالب آن نیست. هرگز كسی ندید كه مثلاً پیامبر(ص) یادداشتی داشته باشند و مطابق آن یادداشت آیات را قرائت كنند و یا طوری آیات را بخوانند كه بعداً معلوم شود یك كلمه را اشتباه گفته و بخواهند آن را تصحیح کنند، آن هم آیاتی كه قبلاً هیچ‌كس چنین كلماتی در هیچ كتابی نگفته بود و بعداً هم كسی نیامد ادعا کند شبیه آن كلمات در كتاب‌های رومی‌ها و یا ایرانی‌های متمدن آن زمان دیده شده است.
قرآن طوری است که آیه‌ای مفسّر آیه‌ای دیگر و مجموعه‌ی آن شاهد بر مجموع آن است و در عین تنوع - حتی در یك موضوع – وحدت نگاه کاملاً درآن حاكم است. مثلاً در مورد عبادت و یا تقوا هزاران نكته‌ی متنوع دارد ولی همه با یك بینش و یك جهت و یک نگاه.
خودِ قرآن می‌فرماید: «أَ فَلا یَتَدَبَّرُونَ الْقُرْآنَ وَ لَوْ كانَ مِنْ عِنْدِ غَیْرِ اللَّهِ لَوَجَدُوا فیهِ اخْتِلافاً كَثیراً»(42) آیا این منكران قرآن در قرآن تدبّر و تفكر نمی‌كنند تا متوجه شوند اگر از طرف غیرخداوند صادر شده بود، حتماً در آن اختلاف و تضاد می‌یافتند؟ زیرا: اولاً : فكر انسان دستخوش تحول و تكامل است ، و در آخر عمر عموماً اشتباهات اول را ندارد. ثانیاً: افکار انسان در طول زندگی تحت تأثیر حالات متفاوت روحی‌اش قرار دارد و سخنانش هماهنگ آن حالات، و گاهی متفاوت و بعضاً متضاد خواهد بود. ثالثاً: كسی كه كارش بر دروغ باشد در طول عمر حتماً به تناقض و اختلاف می‌افتد، در حالی‌كه هیچ‌كدام از موارد بالا در قرآن نیست و یگانگی و وحدت کاملی بر آن حاکم است.
4- اعجاز قرآن از نظر جاذبه: قرآن در معرفی معنی حیات و آزادشدن از اسارت نفس و خرافات آنچنان سخن می‌راند كه انسان به هیچ‌وجه آن را از جان خود جدا نمی‌بیند و به‌خوبی جذب آن می‌شود. قرآن انسان را بر عقده‌های درونی‌اش پیروز می‌كند، مرگ را برایش معنی می‌نماید، او را دعوت به تدبر در آیاتش می‌كند، می‌گوید: «اَفَلا یَتَدَبَّروُنَ الْقُرانَ اَمْ عَلی قُلُوبٍ اَقْفالُها» آیا تدبّر در قرآن نمی‌كنند و یا بر قلب‌هاشان قفل زده شده است كه حقایق آن را نمی‌فهمند؟ به همین جهت عقل انسان در حین تدبّر در قرآن از عمق جان، حقانیت آن را تصدیق می كند و خودِ قرآن شرط تشخیص حقانیت خود را تدبّر در خودش قرار داده است. آیا تا حال دیده‌شده كسی در قرآن تدبّرِ لازم را كرده باشد و برای او در حقانیت آن ذره‌ای شك باقی بماند؟ و یا بیشتر كسانی گرفتار شك نسبت به قرآن هستند كه از دور و بدون تدبّر در آن نظر می‌دهند؟
5 - اعجاز قرآن از نظر اخبار غیبی: مثل آن واقعه‌هایی كه در حین نزول قرآن با فكر بشری درستی و نادرستی آن معلوم نبوده و در قرآن مطرح شده به طوری‌که بشر پس از سال‌ها به درستی آن پی‌برده است مثل: پیش‌بینی غلبه‌ی روم بر ایران در شرایطی كه در آن زمان چنین غلبه‌ای به ذهن‌ها هم خطور نمی‌كرد.43 و یا مثل حفریات باستان‌شناسان، كه پس از سال‌ها داستان حضرت یوسف و طوفان حضرت نوح و قوم سبأ را تأیید كرد. و یا این‌كه قرآن برای فلك، مدار قائل است، برعكسِ پیشینیان كه فلك را جسم مدوری می دانستند كه ستارگان در آن میخكوب شده‌اند ولی بعدها معلوم شد که ستاره‌ها دارای مدار هستند و در مدار خود در گردش‌اند.
6- اعجاز قرآن از نظر وسعت معارف و پهناوری مطلب: از طریق كسی كه برتری فوق العاده‌ای از نظر اطلاعات نسبت به دیگران نداشت و در محیطی آنچنان محدود زندگی می‌کرد که از نظر عقب ماندگی مثال زدنی است و از آن طرف آن شخص ثلث آخر عمرش تماماً مشغول جنگ با دشمنان دین بود، چنین قرآنی با این وسعتِ علمی و دقت روحی مطرح شود حکایت از آن دارد که از طرف خدای حکیم و علیم بر او نازل شده است.
دكتر واگلیری، استاد دانشگاه ناپل می‌گوید:
«كتاب آسمانی اسلام نمونه ای از اعجاز است... قرآن كتابی است كه نمی‌توان از آن تقلید كرد... چطور ممكن است این كتابِ اعجاز آمیز كار محمد باشد؟ در صورتی كه او یك نفر عرب درس ناخوانده بوده است... ما در این كتاب مخزن‌ها و ذخایری از دانش می‌بینیم كه مافوق استعداد و ظرفیت با هوش‌ترین اشخاص و بزرگترین فیلسوفان و قوی‌ترین رجال سیاست است».(44)