مهم‌ترین وظیفه‌ی امام هدایت است که به چند صورت انجام می‌گیرد:
الف- تبیین وحی الهی و بیان حکم خدا، به این صورت که حقایق آسمانی را به مردم ابلاغ می‌کند تا انسان‌ها با در نظرگرفتن تعلیم امام، سعادت خود را بشناسند و مطابق آن عمل کنند.
ب- رهبری باطنی، به این صورت که امام از راه تأثیر در دل‌ها و جذب و كشش آن‌ها به سمت كمال، باطن آن‌ها را رهبری می‌کند تا استعدادها شكفته و نیروهای خفته‌ی انسان‌ها بیدار شود و هركس به كمال مطلوب خود نایل آید كه این كار را «هدایت به امر» می‌گویند.
هدایت به امر، هدایت ویژه‌ای است که قرآن از آن خبر می‌دهد و هر وقت از امامت سخن به میان آورده، از آن هدایت ویژه كه به امر الهی تحقق می‌یابد یاد كرده است. می‌فرماید: «وَ جعلناهُمْ ائِمَّةً یَهْدوُنَ بِاَمْرِنا»(159) آنان را - یعنی ابراهیم و اسحاق و یعقوب - را امامانی قرار دادیم كه مردم را به «امر» ما هدایت كنند. از طرفی قرآن در آیه‌ی 83 سوره‌ی یس در مورد امر خدا می‌فرماید: «اِنَّما اَمْرُهُ اِذا اَرادَ شَیْئاً اَنْ یَقُولَ لَهُ كُنْ فَیَكُون، فَسُبْحانَ الَّذی بِیَدِه ملَكُوتُ كُلِّ شَیْئٍ» اَمر خدا این است كه به شیی‌ای بگوید «باش»، پس می‌شود و بلندمرتبه است خدایی که ملکوت هرچیزی به‌دست اوست. در آخر آیه روشن می‌کند که اشیاء دارای جنبه‌ای ملكوتی هستند که نزد خداوند است و در رابطه با همان جنبه است که اگر اراده كرد آن شیئ بشود، با یك اراده محقق می‌شود، بدون هیچ مانعی. از طرفی می‌فرماید: «وَ ما اَمْرُنا الاّ واحدةٌ كَلَمْحِ الْبَصَر»(160) امر ما واحد است مثل چشم برهم زدن. یعنی امر خدا تعدّدبردار نیست، پس مادی و تدریجی نیست.
در جمع‌بندی آیات فوق روشن می‌شودکه هدایت‌كنندگی امام به «امر» با توجه به جنبه‌ی ملكوتی اشیاء انجام می‌گیرد و بر آن مبنا امام در جان انسان‌ها و در ملکوت آن‌ها تصرف می‌کند تا آن‌ها را به كمال مطلوب‌شان برساند و این نشان می‌دهد که هدایت امام به ارائه‌ی طریق خلاصه نمی‌شود بلکه نحوه‌ای از تصرف در باطن انسان‌ها نیز در هدایت امام هست.
در آیه‌ی 73 سوره‌ی انبیاء که بحث هدایت به امر امامان را طرح کرد، می‌فرماید: «وَ أَوْحَیْنَا إِلَیْهِمْ فِعْلَ الْخَیْرَاتِ وَ إِقَامَ الصَّلَاةِ وَ إِیتَاء الزَّكَاةِ وَ كَانُوا لَنَا عَابِدِینَ» و به آن امامان، فعل به كارهای خیر را وحی كردیم، و وحی كردیم اقامه‌ی نماز و دادن زكات را و آن‌ها از عبادت‌كنندگان ما بودند. دقت بفرمایید که وَحیِ فعل خیر، یك نحوه تصرف تكوینی است در امامان توسط خداوند. چون می‌فرماید: فعلِ خیر را به آن‌ها وحی کردیم و نگفت به آن‌ها وحی می‌كنیم، كه فعل خیر انجام بدهند، در نتیجه فعل آن‌ها همان وَحی الهی است.
امام به واسطه‌ی سیطره بر ملكوت به هر موجودی به قدر استعدادی که دارد هدایت الهی را افاضه می‌كند و طبق آیه‌ی «وَ جَعَلْناهُم اَئِمَّةً یَهْدونَ بِاَمْرِنا» این هدایت، رهبری افراد بشر است از راه ملكوت و نفوس آن‌ها. و به همین جهت می‌توان گفت: همیشه باید امام در عالم باشد تا چنین القاء روحانی بر مستعدین جریان یابد، چه آن امام در حاکمیت سیاسی و مدیریت جامعه حضور داشته باشد و چه نداشته باشد.
در اثر اتصال قلوبِ پیروان امام به قلب امام، معارف و علوم الهی در قلب پیروان امام جاری می‌شود و علت آن‌كه مؤمنین در بهشت دارای نهرهای آب زلال هستند در اثر همین اتصال قلب و بهره‌مند شدن‌شان از چشمه‌ی فضایل امام‌شان است. چون با توحید و اقرار به حقانیت امام و پیامبر، قلب خود را آبیاری كرده‌اند.