نظریه دیگرى كه از جانب برخى فقهاى معاصر مطرح شده نظریه «انتخاب» نام گرفته است. طبق این نظریه ـ در زمان غیبت ـ ولىِّ‌فقیه از سوى مردم انتخاب مى‌شود و با همین رأى و انتخاب، حكومت وى مشروعیت مى‌یابد؛ یعنى مشروعیت ولىّ فقیه، از سوى مردم است. آنها با انتخاب رهبر، حق تسلطى را كه بر خود دارند، به او واگذار مى‌كنند.
البته نظریه «انتخاب» برداشتهاى مختلفى دارد، ولى همه برداشتها بر این اتفاق دارند كه مردم ولىّ فقیه را انتخاب مى‌كنند و به نحوى در مشروعیت حكومت او مؤثرند، به‌گونه‌اى كه اگر مردم نباشند، ولایت فقیه مشروعیت ندارد؛ یعنى نه تنها مقبولیت ندارد، كه مشروعیت هم ندارد.
این دو نظریه (انتخاب و انتصاب) در مبناى كار خبرگان اثر مى‌گذارد. اگر كسى معتقد باشد مردم باید با رأى خود به رهبر، اعتبار و مشروعیت ببخشند، در این صورت مردم، خبرگان را برمى‌گزینند و خبرگان هم از سوى مردم، رهبر را انتخاب مى‌كنند؛ یعنى به او مشروعیت مى‌بخشند. در این فرض، گویى مردم، امانتى را به خبرگان سپرده‌اند و آنها به عنوان امین مردم، امانت را به رهبر مى‌سپارند. پس نقش خبرگان، وساطت و رساندن مشروعیتى است كه از سوى مردم به ولىِّ فقیه داده مى‌شود.
باید توجه داشت كه اولا: این نظریه سابقه فقهى ندارد یعنى فقهاى گذشته هیچكدام چنین نظریه‌اى را مطرح و قبول نكرده‌اند.
( صفحه 120 )
ثانیاً: بر اساس این نظریه، مشروعیت حكومت از ناحیه مردم به فقیه اعطا مى‌شود حال آنكه مردم اصلا حق حاكمیتى از خودشان ندارند تا به كسى اعطا كنند. در جاى خودش مفصل بحث شده كه از دیدگاه اعتقادى اسلام مشروعیت حكومت باید از جانب خدابه هر كس اعطا شود. در مورد پیامبران و امامان معصوم این واگذارى به صورت نصب خاص بوده است و در مورد فقیه جامع شرایط بصورت نصب عام است.
ثالثاً: اگر بپذیریم كه مشروعیت را مردم به حاكم شرعى مى‌بخشند جاى این سؤال هست كه چون همه مردم با حاكم شرعى بیعت نمى‌كنند بلكه اكثریت به او رأى مى‌دهند، آیا آن اقلیت چه وظیفه‌اى دارند. حكومت حاكم اسلامى بر آن اقلیت چه مشروعیتى دارد؟
بطور خلاصه اشكالاتى كه بر نظام دموكراتیك مبتنى بر انتخابات وارد است بر این نظریه هم وارد است.