یكى از مسایل مهم كه در عرفان اسلامى كاملا مورد توجه بوده و امام خمینى(رض) نیز درباره‌ی آن حقایق بلندى از خود به یادگار گذاشته‌اند است، جایگاه انسان كامل در نظام هستى است، که بعد از بیان ضرورت وجود انسان كامل در نظام هستى بحث میشود. زیرا انسان كامل به لحاظ برخوردارى از جامعیت و گستردگىِ وجودى، نسخه‌ی جامع و كامل تمام نظام هستى است، به گونه‌اى كه شناخت او موجب شناخت عالم و آدم خواهد شد.
ملاصدرا در این باره گفته است: انسان كامل نسخه‌ی مختصر از همه‌ی عوالم در نظام هستى است و اگر كسى بتواند او را به‌خوبى بشناسد، همه‌ی جهانِ آفرینش را شناخته است و اگر از معرفت و شناخت او بهره‌اى حاصل ننماید، از شناخت همه‌ی عوالم هستى محروم خواهد بود.(157)
آیت الله حسن‌زاده«حفظه‌الله» می‌فرمایند: انسان كامل داراى مقام مشیةُ الله است، و اصلا مقام او مقام مشیةُ الله و او محل مشیة الله می‌باشد. و آیه‌ی كریمه‌ی «یَخْلُقُ مَا یَشَاء وَیَخْتَارُ» و دیگر آیات مشابه آن‌كه در رابطه با مشیت آمده، همه بر او صادق است، و این مظهر مشیت و اختیار الهى، صاحب ولایت كلیه است كه برخوردار از رقایق صفات حق تعالى بوده و محل ظهور و تجلى جمیع اوصاف كمالیه‌ی الهى است. پس وجود انسان كامل ظرف همه‌ی حقایق و خزاین الهى و اعیان حقایق نوریه‌ی دار هستى است. لاجرم این مقام داراى ولایت تكوینى است كه می‌‌‌تواند با اذن و مشیت الهى در كائنات تصرف كند، بلكه خود را در خارج از بدن خود ایجاد نماید و موجودات خارجى به منزله‌ی اعضاى انسان كامل و او به مثابه جان آن‌هاست، لذا معجزات و كرامات و هرگونه خارق عادت انسان‌هاى كامل از این جهت است.(158)
آن‌گونه كه در بیان فوق ملاحظه شد، انسان كامل كه محل مشیة الله است، جانِ جهان بوده و كل جهان بدن او به حساب مى آید، پس نقش و جایگاه انسان كامل در عالم، نقش و جایگاه روح در بدن است، لذا می‌‌‌تواند هر نوع تصرفى را با اذن الهى در عالم داشته باشد. در این باره بحث هاى فراوانى در ره آورد عرفانى - شهودى اهل معنا وجود دارد.
چون انسان كامل به منزله‌ی روح عالم و عالم جسد اوست، و آن طور كه روح جسد را تدبیر كرده و به وسیله قواى روحانى و جسمانى كه در اختیار دارد، می‌‌‌تواند هر گونه تصرفى در آن داشته باشد، انسان كامل نیز عالم را تدبیر كرده و می‌‌‌تواند در آن به واسطه‌ی اسماى الهى - كه در وجود او به امانت گذاشته شده - در عالم تصرف كند، زیرا تمام حقایق نهفته در نهان انسان كامل، برزخى است بین جهت احدیت جمعى و حقیقت وجوب. بنابراین، حق در آینه‌ی دل انسان كامل كه خلیفه‌ی اوست، تجلى كرده و عكسِ انوار تجلیات از آینه‌ی دل او بر عالم فایض میشود و تا انسان كامل در عالم باقى است، از تجلیات ذاتى حق و رحمت رحمانى و رحیمى حق سبحانه استمداد مى‌كند و عالم با این استمداد و فیضانِ تجلیات محفوظ مى‌ماند. پس هیچ معنایى از معانى از باطن به ظاهر بیرون نمى‌آید، مگر به حكم انسان كامل، چه این‌كه هیچ چیزى از ظاهر به باطن نمى‌آید مگر به دستور او.(159)
جایگاه انسان كامل در عالم هستى كه در بیان عرفا مطرح شده، حقیقتى است كه در كلمات ائمه‌ی معصومین(ع) نیز، بدان اشاره شده است. امیرمؤمنان على(ع) در كلامى نورانى كه بیان‌گر بسیارى از این حقایق است فرموده‌اند: «فَإِنَّا صَنَائِعُ رَبِّنَا وَ النَّاسُ بَعْدُ صَنَائِعُ لَنَا»(160) ما امامان، ساخته و پرداخته‌ی پروردگارمان هستیم؛ و خلق، در مرتبه‌ی بعد، ساخته و پرداخته‌ی ما هستند. بیان نورانى امام(ع) همان حقیقتى را درباره‌ی انسان كامل مطرح مى‌كند كه عرفا از آن به محل مشیة الله و امثال آن تعبیر كرده‌اند. ابن ابى الحدید معتزلى - شارح نهج البلاغه - در ذیل این كلام حضرت می‌‌‌گوید: این سخن بسیار با عظمت است و بر همه‌ی كلمات برترى دارد و معناى آن فوق همه‌ی معانى، دو مفهوم دارد، یكى این‌كه امام می‌‌‌فرماید بین ما و خداوند واسطه‌اى وجود ندارد و ما واسطه‌ی بین حق و خلق هستیم و مفهوم دیگر آن مربوط به ملكوت این كلام است ؛ یعنى: «اِنَّهُم عَبیدُاللّه وَ اَنَّ الناس عَبیدُهم»(161) اهل بیت(ع) بندگان خدا و مردم همه بنده‌ی آن‌ها هستند.