نباید طبیعت را به عنوان یك نظام عِلّیِ مكانیكی و جبری بدانیم و حضور معنوی خدا را در طبیعت حذف كنیم. همچنان‌كه نباید نقش نفسِ انسانی را در بدن او نادیده بگیریم و همه‌ی فعالیت‌های بدن را در سطح عكس‌العمل‌های زیست‌شناسانه تحلیل كنیم. مثل این‌كه گاهی بدن در اثر آتش و یا گاهی در اثر سوخت‌وساز داخلی گرم می‌شود ولی گاهی غضبِ انسان موجب گرمی بدن او می‌گردد. پس لازم است نقش مستقیم‌تر علل معنوی در عالم ماده را نیز از نظر دور نداشت و متوجه بود بعضاً خداوند ماوراء ابزارها، اقدام می‌نماید، هرچند در هر صورت همه‌چیز به خدا برمی‌گردد و فقط گاهی اسباب بیشتری بین ما و خدا فاصله شده‌اند و اراده‌ی خداوند با این فاصله‌ها و اسباب تحقّق یافته و ظهور نموده است. همچنان‌كه می‌گوییم ساقی خدا است، ولی آب، موجب تحقّق ظهور «اسم ساقی» در مرتبه‌ی عالم ماده است، پس آب واسطه‌ای است تا خداوند بندگانش را سیراب كند ولی در هر حال همیشه خداوند در صحنه است؛ چه واسطه‌های فعل او در میان باشند و چه واسطه‌ها در بین نباشند.