با این‌که مقام معظم رهبری«حفظه‌الله» شخصیتاً مشهور به استاد فلسفه نیستند ولی با فلسفهی صدرایی کاملاً آشنایی دارند و یکی از علت‌هایی که ایشان امام را درست درک کردند همین علم کامل ایشان به حکمت صدرایی بود. همچنان که قبلا اشاره شد آقای دکتر حداد عادل که رابطه‌ی شخصی و سببی با ایشان دارند در یک مصاحبه‌ای می‌فرمایند:
در رابطه با آشنایی رهبر انقلاب با حوزه‌ی فلسفه، چه فلسفهی غرب و چه فلسفهی اسلامی، من یک جمع‌بندی اجمالی از جایگاه فلسفه در ذهن ایشان دارم. ایشان برخلاف این که از حوزه‌ی مشهد برخاسته‌اند نظرِ رایج در حوزه‌ی مشهد نسبت به فلسفهی رسمی را ندارند. در حوزه‌ی مشهد- نگاهی که به مکتب تفکیک موسوم شده- با فلسفه بر سر لطف نیستند. البته به درجات گوناگون. آقای خامنه‌ای هم به همان حوزه تعلق دارند و در آنجا نشو و نما کرده‌اند امّا نظر منفی نسبت به فلسفهی اسلامی پیدا نکرده‌اند. بلکه نظر مثبت دارند. ایشان در فلسفه به اعتباری فرزند فکری علامه‌ی طباطبایی هستند. نه فرزند آقا شیج مجتبی قزوینی که البته بسیار برای این بزرگوار احترام قائل هستند. ایشان به من می‌فرمودند ما در محضر آقا شیخ مجتبی دو تا درس می‌خواندیم، ساعت اول، ایشان فلسفه و منطق به ما درس می‌دادند، خیلی دقیق، درست و فنی، ساعت بعد همان حرف‌ها را مطابق نظریه‌ی مکتب تفکیک رد می‌کردند. بنابراین آقای خامنه‌ای هر دو نگاه را در حوزه‌ی مشهد تجربه کرده‌اند. ولی حرفی که ایشان دنبال کرده و نسبت به آن نظر دارد، خط یا مشرب فلسفی علامه‌ی طباطبائی و مرحوم شهید مطهری است... البته ایشان تاکنون اثر فلسفی ننوشته‌اند و درس فلسفه هم دایر نکرده‌اند اما فلسفهی اسلامی را خوب می‌دانند... از نشانه‌های دیگر اهمیتی که ایشان به فلسفهی اسلامی می‌دهند، تشویق طلاب است نسبت به جدّی گرفتن فلسفه و کلام اسلامی و نیز کمک به مؤسساتی که فلسفهی اسلامی را آموزش می‌دهند یا در این حوزه پژوهش می‌کنند که یکی از آن‌ها «بنیاد حکمت اسلامی صدرا» است که با حمایت ایشان تأسیس و فعّال شده است. ایشان ضمن آن که توجه دارند که در مواجهه با تمدن غرب، صرفاً استناد به نقل کارساز نیست و باید در این میدان چهره عقلانی و استدلالی تمدن اسلامی به میدان بیاید، اعتقادشان به فلسفهی اسلامی صرفاً از باب محاجه و احتجاج و رفع شبهه نیست و نگاه ابزاری به فلسفه و ترویج آن ندارند. بلکه معتقد به سلوک فلسفی هستند.(197)
مقام معظم رهبری در مدت هفت سالی که در قم بودند - از سال 1337 تا سال 1343- علاوه بر تحصیلات عالی در فقه و اصول در محضر آیت الله بروجردی و شیخ مرتضی حائری یزدی، از محضر امام خمینی و علامه طباطبائی استفاده بردند.
یک وقت می‌گوئیم فلسفه بخوانیم تا شبهه‌ی مخالف را رد کنیم ولی یک وقت مثل ملاصدرا و امام و علامه‌ی طباطبائی معتقدید می‌خواهید با فلسفه، عقل خود را سیر دهید تا متوجه کلیات عالَم شوید. این را می‌گویند «سلوک فلسفی». در سلوک فلسفی عقل را تربیت می‌کنید تا با وجودِ کلیاتِ عالَم مرتبط شود و به سوی آن‌ها سیر کند. آقای دکتر حداد متوجه شده‌اند که رهبر انقلاب نسبت به فلسفه برخورد سلوکی دارند. فرق این نوع سلوک با سلوک عرفانی در این است که در عرفان، قلب سیر می‌کند و با وجودِ حقایق مأنوس می‌شود و در سلوکِ فلسفی، عقل سیر می‌کند و به «کلیات عالَم» عالِم می‌گردد. هر دو سلوک برای اهلش شیرین است، به همین جهت ملاصدرا در سلوک فلسفی به همان نشاط و وَجدی دست می‌یابد که در سلوک عرفانی‌اش به آن دست می‌یابد.
کسانی می‌توانند به شخصیت اشراقی امام نزدیک شوند و عامل تفصیل آن شخصیت گردند که روح فلسفهی صدرایی را بفهمند. نگاه فلسفی غیر از فلسفه دانستن است. بنا نیست همه فلسفه بدانند. مثل نگاه انقلابی که موجب می‌شود تا نسبتِ خود را با دنیا بر اساس انقلاب اسلامی تعریف کنید ولی لازم نیست همه‌ی جزئیات انقلاب را بشناسید. مقابلِ این نگاه، نگاهی است که معتقد به انقلاب نیست، پذیرفته است محمدرضا شاه کشور را اداره کند و او عبادتش را انجام دهد. در فلسفه هم همین‌طور است. یک عده‌ای نگاه فلسفی را قبول ندارند. حرف ما این است که برای قرار گرفتن در ذیل شخصیت امام باید نسبت به نگاه فلسفی حساس باشیم زیرا در آن صورت یک نوع همزبانی بین خود و حضرت امام احساس می‌کنیم. آن کسی که به نگاه فلسفی و عرفانی حساس بود وقتی امام در روز عید غدیر صحبت می‌کردند بهره‌ای دیگر می‌برد چون می‌فهمید حضرت امام در سخنانشان به چه حقایقی اشاره دارند.
در جبهه با جوانانی روبه‌رو می‌شدیم که چون ذوق فلسفی و عرفانی حضرت امام را پذیرفته بودند کاملاً با نگاه فلسفی به امور نظر داشتند، بدون آن‌که از مباحث فلسفی رسمی اطلاعی داشته باشند. مقام معظم رهبری در رابطه با جایگاه فلسفه می‌فرمایند: «فلسفهی اسلامی فقه اکبر است».(198) و یا در جای دیگر می‌فرمایند: مبنای معارف دینی در ذهن و عملِ انسان است و باید گسترش و استحکام یابد.(199)
رهبر معظم انقلاب«حفظه‌الله» در رابطه با حکمت متعالیه می‌فرمایند:
به گمان ما فلسفهی اسلامی در اسلوب و محتوای حکمت صدرایی، جای خالی خویش را در اندیشه‌ی انسان این روزگار می‌جوید و سرانجام آن را خواهد یافت.
پیام فوق ما را متوجه می‌کند که فلسفهی صدرایی تنها محدود به تاریخ امروز ما نیست، مربوط به آینده است. همین‌طور که هر چه انقلاب اسلامی جلو برود برای آیندگان حرف دارد، فلسفهی صدرایی چنین آینده‌ای را در پیش دارد. در ادامه‌ی همان پیام توصیه می‌کنند وظیفه‌ی ما است حالا که سرمایه‌ی فکری بزرگی مثل امام و علامه‌ی طباطبائی در حکمت صدرایی در میان است آن اندیشه را به جهانیان بشناسانیم. زیرا فلسفهی صدرایی در ذیل اشراقی که حضرت امام ایجاد کرده‌اند صورت حقیقتی است برای رجوع به انقلاب حضرت مهدی(عج).
مقام معظم رهبری می‌فرمایند:
فلسفهی صدرایی - که خودِ او به حق آن را حکمت متعالیه نامیده- در هنگام پیدایشِ خود نقطه‌ی اوج فلسفهی اسلامی تا زمان او، و ضربه‌ای قاطع بر حملات تخریبی‌مسلکان و فلسفه‌ستیزانِ دوران‌های میانه‌ی اسلامی بوده است، ... در فلسفهی او از فاخرترین عناصر معرفت یعنی عقل منطقی و شهود عرفانی و وَحی قرآنی در کنار هم بهره گرفته شده و در ترکیب شخصیت او تحقیق و تأمل برهانی و ذوق و مکاشفه‌ی عرفانی و تعبد و تدین و زهد و اُنس با کتاب و سنت با هم دخیل گشته....(200)
حقیقتاً علمایی که مکتب حکمت متعالیه را دنبال کرده‌اند دارای زهد و اُنس و تعبد و تدین خاص بوده و هستند، از ملا حسینقلی همدانی بگیر تا مرحوم قاضی طباطبائی و علامه‌ی طباطبائی و حضرت امام. مرحوم آقای ملکی تبریزی که مشهورند به زهد، از شاگردان ملا حسینقلی همدانی بوده‌اند که از اساتید اسفار اربعه‌ی ملاصدرا است.
رهبر معظم انقلاب«حفظه‌الله» راه ارتباط میان اندیشه و معنویت را تقویت فلسفهی ملاصدرا(ره) می‌دانند و می‌فرمایند: من به آقایان جوادی و مصباح و برخی آقایان معروف فلسفه‌دان قم مکرر در باره‌ی این‌که نگذارید درس فلسفه و فضای فلسفی در حوزه‌متروک و ضعیف شود، سفارش کرده‌ام.(201)
در رابطه با شخصیت حضرت امام و نسبت حضرت امام با حکمت متعالیه می‌فرمایند: «امام(ره) چکیده و زبده‌ی مکتب ملاصدرا است، نه فقط در زمینه‌ی فلسفی‌اش، در زمینه‌ی عرفانی هم همین‌جور است».(202)
ملاحظه کنید مقام معظم رهبری چگونه صاحبنظرانه جایگاه مکتب صدرایی را می‌شناسند و متوجه‌اند برای تفصیل شخصیت حضرت امام باید در حوزه‌های علمیه نظر به مکتب صدرایی داشت و می‌فرمایند: امام چکیده و زبده‌ی مکتب ملاصدرا در فلسفه و عرفان است.
مقام معظم رهبری که جایگاه تاریخی انقلاب را می‌شناسند می‌دانند این انقلاب با چه خصوصیاتی می‌تواند ادامه پیدا کند و در همین راستا متوجه‌اند فلسفهی صدرایی به حاشیه نرود و متروک نگردد. وقتی می‌فرمایند: امام چکیده و زبده‌ی مکتب ملاصدرا است. می‌خواهند نتیجه بگیرند اگر می‌خواهید امام به عنوان یک شخصیت تاریخ‌ساز برایتان بماند باید فلسفهی صدرایی را با نشاطِ هرچه تمام‌تر به صحنه بیاورید و جزء گفتمان خود قرار دهید. إن‌شاءالله در جلسات آینده راه‌کار به صحنه‌آوردن فلسفهی صدرایی با رجوع به مباحث معرفت نفس و برهان صدیقین عرض خواهد شد.
عده‌ای تحت عنوان «مکتب تفکیک»، ما مذهبی‌ها را این‌طور بازی می‌دهند که فلسفه می‌خواهیم چه کار؟ مکتب عترت ما را کافی است، اینجاست که باید نسبت به این شعارها سوءظن شدید پیدا کنیم، زیرا مگر برای تبیین مکتب عترت نباید تفکر کرد تا سخنان امامان(ع)، باورها را سیراب کند؟ با چه فکری باید آن مکتب را تبیین نمود، آیا امروز بدون اتکا به حکمت صدرایی امکان دارد بتوانیم مکتب تشیع را در مبانی عقلی‌اش تبیین کنیم و در نتیجه انقلاب اسلامی را ادامه دهیم؟ به همین جهت عرض می‌کنم باید نسبت به این شعارها سوءظن داشت زیرا می‌دانیم پشتیبان مبانی اعتقادی این انقلاب امامت است و امامت جایگاهی عرشی دارد و مکتب صدرایی توان تبیین جایگاه عرشی امامت را به خوبی در خود دارد و نفی فلسفهی صدرایی خواسته یا ناخواسته، نقشه و حیله‌‌ای است پنهان جهت سست‌کردن ریشه‌های تئوریک مکتب عترت.