با توجه به سنت تفصیلِ حقایق اشراقی باید امروز متوجه باشیم رجوع به امام خمینی(ره) به نحوی، رجوع به ائمه‌ی اطهار(ع) است، تا اسلام را به صورتی کاربردی در نظام تربیتی و اقتصادی و سیاسی داشته باشیم. آیا از آن جهت که رهبری عزیز، تفصیل اندیشهی امام در امور سیاسی کشور شدند، ما با برکات غیر قابل تصوری روبه‌رو نشدیم؟ پس چرا در سایر امور از رجوع به امام کوتاهی می‌کنیم؟ چرا به اندیشهی حضرت روح الله(ره) در مبادی فکری رجوع نمی‌کنیم تا تفاهم شروع شود و وحدت ظهور کند و بستر تعالی افراد و تحقق تمدن اسلامی فراهم گردد؟ حضرت امام می‌فرمایند:
«اختلاف اگر زیربنایی و اصولی شد، موجب سستی نظام می‌شود و این مسئله روشن است که بین افراد و جناح‌های موجودِ وابسته به انقلاب اگر اختلاف هم باشد، صرفاً سیاسی است ولو این‌که شکل عقیدتی به آن داده شود، چرا که همه در اصول با هم مشترکند و به همین خاطر است که من آنان را تأیید مینمایم. آن‌ها نسبت به اسلام و قرآن و انقلاب وفادارند و دلشان برای کشور و مردم میسوزد و هر کدام برای رشد اسلام و خدمت به مسلمین طرح و نظری دارند که به عقیده‌ی خود موجب رستگاری است... ولی این بدان معنا نیست که همه‌ی افراد تابع محض یک جریان باشند... و تشکل جدید مفهومش اختلاف نیست. انتقادِ به‌جا و سازنده، باعث رشد جامعه می‌شود. انتقاد اگر به حق باشد، موجب هدایت دو جریان می‌شود. هیچ‌کس نباید خود را مطلق و مبرّای از انتقاد ببیند... اگر در این نظام کسی یا گروهی خدای ناکرده بیجهت در فکر حذف یا تخریب دیگران برآید و مصلحت جناح و خط خود را بر مصلحت انقلاب مقدم بدارد، حتماً پیش از آن‌که به رقیب یا رقبای خود ضربه بزند به اسلام و انقلاب لطمه وارد کرده است. در هر حال یکیاز کارهایی که یقیناً رضایت خداوند متعال در آن است، تألیف قلوب و تلاش جهت زدودن کدورت‌ها و نزدیک ساختن مواضع خدمت به یکدیگر است. باید از واسطههایی که فقط کارشان القای بدبینی نسبت به جناح مقابل است، پرهیز نمود....»(154)
ایشان درباره‌ی اهمیت و ضرورت آزادیِ تفكر و اندیشه چنین نظر می دهند:
«آزادی فكری این است كه انسان در فكرش آزاد و بدون این‌كه متمایل به یك طرف باشد، فكر كند. در مسائل علمی هم همین طور است. مسائل علمی را اگر چنانچه انسان آزاد فكر كند یك طور برداشت می‌كند، اگر چنانچه ذهنش متوجه باشد، انگل باشد نسبت به این قضیه، یك جور دیگر فكر می‌كند، یك جور دیگر برداشت می‌كند.»(155)
اسلام آزادی انسان را نه به صورت یك نیاز و پدیده‌ای كه به مرور در عرصه‌های مختلفِ حیات فردی و اجتماعی و سیاسی و فرهنگی رخ نمایانده و ضرورت ها و آثار و ثمراتش را ظاهر كرده است، می‌شناسد بلكه می‌گوید آزادی در ژرفای سرشت و فطرت انسان بنیان نهاده شده است. با این وصف انسان به گونه‌ای با آزادی ممزوج و آمیخته است كه نمی‌توان بین این دو تباین و گسست ایجاد نمود و این یك سنت و قانون ثابت و تغییرناپذیر الهی است .
اهمیت خاصِ «آزاداندیشی» را این‌گونه باید تبیین نمود كه در میان اقسام آزادی، این نوع آزادی به آن دلیل كه با فكر و اندیشه پیوند و ارتباط می‌یابد موجب زایش و تولد بسیاری از افكار والا و ژرف و متعالی در جامعه می‌گردد و از همین راه است كه بسترهای رشد و كمال و پیشرفت گشوده می‌شود و علوم و دانش‌ها در رشته‌ها و تخصص‌های گوناگون به بار و ثمر می نشینند و نظرات بدیع و نو به‌وجود می‌آیند و بر این اساس تأکید می‌شود باید به همه‌ی شخصیت امام رجوع کرد و اندیشهی عرفانی و فلسفی ایشان در کنار اندیشهی سیاسی ایشان مورد غفلت قرار نگیرد.
حضرت امام خمینی(ره) آزاداندیشی در مراكز علمیِ حوزوی و در تعاملات علمی و دقیقِ فقها و علمای اسلام با یكدیگر را با گستره‌ی حكومت و نظام اسلامی مرتبط و در هم آمیخته می دانند و تصریح می كنند كه آزادی در ارائه‌ی تفكرات و اندیشه‌ها در موضوعات مختلف اگرچه مخالف یكدیگر هم باشد ضروری و لازم است و به هیچ وجه كسی نباید در صدد جلوگیری از آن‌ها برآید .
مشكل اصلی كسانی كه فاقد آزاداندیشی می باشند این است كه در آنچه به صورت طفیلی و وابستگی به آن رسیده‌اند اصرار می‌ورزند و با تعصب و تصلب و جزم‌اندیشی و تنگ‌نظری‌های خود مانع بروز افكار آزاد و بلند می‌گردند و از این بدتر و خطرناك‌تر این‌كه با هر انسان آزاداندیش و فرزانه، عناد و دشمنی می‌ورزند و در اوج هتاكی و پرده‌دری و برخوردهای ضداخلاقی، با دیدگاه‌ها و نظرات جدیدِ آنان مخالفت می‌كنند و چوب تكفیر بر آن‌ها می‌زنند! در حالی‌که حضرت امام هیچ‌وقت نگاه سلبی به اندیشه‌هایی که در ذیل اسلام و انقلاب قرار داشتند نمی‌کردند.
با توجه به این‌که مقام معظم رهبری«حفظه‌الله» با تمام وجود تلاش می‌کنند در ذیل شخصیت حضرت امام، تفصیل اندیشهی امام باشند، بنده نظرات ایشان را در رابطه با آزاداندیشی خدمتتان عرض می‌کنم تا إن‌شاءالله عزیزان بیش از پیش به حساسیت موضوع پی ببرند و معنی تفصیل شخصیت حضرت امام در این مورد را بشناسند. مقام معظم رهبری می‌فرمایند:
اگر بخواهیم در زمینه‌ی گسترش و توسعه‌ی واقعی فرهنگ و اندیشه و علم حقیقتاً کار کنیم، احتیاج داریم به این‌که از مواهب خدادادی و در درجه اوّل آزاداندیشی استفاده کنیم. آزاداندیشی در جامعه‌ی ما یک شعار مظلوم است. تا گفته می‌شود آزاداندیشی، عدّهای فوری خیال می‌کنند که بناست همه‌ی بنیان‌های اصیل درهم شکسته شود و آن‌ها چون به آن بنیان‌ها دلبستهاند، میترسند. عدّهای دیگر هم تلقّی می‌کنند که با آزاداندیشی باید این بنیان‌ها شکسته شود. هر دو گروه به آزاداندیشی - که شرط لازم برای رشد فرهنگ و علم است- ظلم می‌کنند. ما به آزاداندیشی احتیاج داریم. متأسّفانه گذشته‌ی فرهنگ کشور ما فضا را برای این آزاداندیشی بسیار تنگ کرده بود.(156) ..... محیط آزاداندیشی، محیط خاصی است که باید آن را ایجاد کرد؛ آن هم کار شماهاست. البته به نظر من، گفت وگوی آزاد باید از حوزه و دانشگاه شروع شود.... صاحبان فکر باید بتوانند اندیشهی خود را در محیط تخصّصی، بدون هوچی‌گری، بدون عوامفریبی و جنجال تحمیلی و زیادی مطرح کنند و آن نقّادی شود؛ یک وقت بهطور کامل رد خواهد شد، یک وقت بهطور کامل قبول خواهد شد، یک وقت هم در نقّادی اصلاح خواهد شد و شکل صحیح خود را بهدست خواهد آورد. این اتّفاق باید بیفتد. ما الآن این را نداریم. البته من به شما بگویم که محیط حوزه از این جهت بهتر از محیط دانشگاه است.
می‌فرمایند:
امروز ما احتیاج مبرمی داریم به این‌که تفکّر آزاداندیشانه - که با آن فرهنگ و علم تولید خواهد شد و گسترش و توسعه‌ی واقعی پیدا خواهد کرد- در جامعه رشد پیدا کند و بتواند استعدادهای افراد را به سمت خود جذب نماید.(157) .... برای مهار هرج و مرج فرهنگی بهترین راه، همین است که آزادی بیان در چارچوب قانون و تولید نظریه در چارچوب اسلام نهادینه شود. برای علاج بیماری‌ها و هتاکی‌ها و مهار هرج و مرج فرهنگی نیز بهترین راه، همین است که آزادی بیان در چارچوب قانون و تولید نظریه در چارچوب اسلام، حمایت و نهادینه شود.
مقام معظم رهبری می‌فرمایند:
حرف اصلی ما امروز این است که نه با توقف در گذشته و سرکوب نوآوری میتوان به جایی رسید، نه با رهاسازی و شالودهشکنی و هرج و مرجِ اقتصادی و عقیدتی و فرهنگی میتوان به جایی رسید؛ هر دو غلط است. آزادی فکر؛ همان نهضت آزادفکری که ما دو، سه سال قبل مطرح کردیم و البته دانشجوها هم استقبال کردند؛ اما عملاً آن کاری را که من گفته بودم، انجام نشده است؛ نه در حوزه، نه در دانشگاه. من گفتم کرسی های آزاداندیشی بگذارید.(158) ....میدان‌دادن به دانشجو برای اظهارنظر و تحقق کرسی‌های آزاداندیشی، یکی دیگر از کارهایی است که باید در زمینه‌ی مسائل گوناگون اجتماعی و سیاسی و علمی انجام بگیرد، میدان دادن به دانشجوست برای اظهارنظر. از اظهار نظر هیچ نباید بیمناک بود.
شما تجربه‌ی این پدر پیرتان را در این زمینه داشته باشید. آنی که کمک می کند به پیشرفت کشور، آزادی واقعی فکرهاست؛ یعنی آزادانه فکرکردن، آزادانه مطرح کردن، از هو و جنجال نترسیدن، به تشویق و تحریض این و آن هم نگاه نکردن.(159)
مقام معظم رهبری«حفظه‌الله» در جمع اساتید و طلاب حوزه‌ی علمیه‌ی قم فرمودند:
چرا این کرسی‌های آزاداندیشی در قم تشکیل نمی‌شود؟ چه اشکالی دارد؟ حوزه‌های علمیه‌ی ما، همیشه مرکز و مهد آزاداندیشی علمی بوده و هنوز که هنوز است، ما افتخار می‌کنیم و نظیرش را نداریم در حوزه‌های درسی غیر حوزه‌ی علمیه، که شاگرد پای درس به استاد اشکال کند، پرخاش کند و استاد از او استشمام دشمنی و غرض و مرض نکند. طلبه آزادانه اشکال می‌کند، هیچ ملاحظه‌ی استاد را هم نمی‌کند. استاد هم مطلقا از این رنج نمی‌برد و ناراحت نمی‌شود، این خیلی چیز مهمی است. خوب، این مال حوزه‌ی ماست. در حوزه‌های علمیه‌ی ما، بزرگانی وجود داشته‌اند که هم در فقه سلیقه‌ها و مناهج گوناگونی را می‌پیمودند، هم در برخی از مسائل اصولی‌تر؛ فیلسوف بود، عارف بود، فقیه بود، این‌ها در کنار هم زندگی می‌کردند با هم کار می‌کردند؛ سابقه‌ی حوزه‌های ما این جوری است. یکی، یک مبنای علمی داشت، دیگری آن را قبول نداشت. اگر شرح حال بزرگان و علما را نگاه کنید، از این قبیل مشاهده می‌کنید.مرحوم صاحب حدائق با مرحوم وحید بهبهانی، نقطه‌ی مقابل؛ هر دو در کربلا زندگی می‌کردند؛ معاصر، مباحثه هم می‌کردند با هم. یک شب در حرم مطهر سیدالشهدا(ع) این‌ها سر یک مسئله‌ای شروع کردند بحث‌کردن، تا اذان صبح این دو نفر روحانی ایستاده - حالا وحید بهبهانی آن وقت نسبتا جوان بوده، اما صاحب حدائق پیرمردی هم بوده- بحث کردند! مباحثه هم می‌کردند با هم، منازعه هم می‌کردند، اما هر دو هم بودند، هر دو هم درس می‌گفتند. من شنیدم که شاگردان وحید - که وحید تعصب شدیدی علیه اخباری‌ها داشت- مثل صاحب ریاض و بعضی دیگر از شاگردان وحید، می‌رفتند درس صاحب حدائق هم شرکت می‌کردند! این جوری بوده؛ ما تحمل را در حوزه باید بالا ببریم. خوب، یکی مشرب فلسفی دارد، یکی مشرب عرفانی دارد، یکی مشرب فقاهتی دارد، ممکن است همدیگر را هم قبول نداشته باشند. من چند ماه پیش از این، در مشهد گفتم که مرحوم آشیخ مجتبی قزوینی(ره) مشرب ضدیت با فلسفه‌ی حکمت متعالیه، مشرب ملاصدرا، داشت - ایشان شدید، در این جهت خیلی غلیظ بود- امام(ره) چکیده و زبده‌ی مکتب ملاصدراست؛ نه فقط در زمینه‌ی فلسفی‌اش، در زمینه‌ی عرفانی هم همین جور است. خوب، مرحوم آشیخ مجتبی نه فقط امام را قبول داشت، از امام ترویج می‌کرد تا وقتی زنده بود. ترویج هم از امام کرد؛ ایشان بلند شد از مشهد آمد قم، دیدن امام. مرحوم آمیرزا جواد آقا تهرانی در مشهد جزو برگزیدگان و زبدگان همان مکتب بود، اما ایشان جبهه رفت. با تفسیر حمد امام که در تلویزیون پخش می‌شد، مخالف بودند؛ به خود من گفتند؛ هم ایشان، هم مرحوم آقای مروارید، اما حمایت می‌کردند. از لحاظ مشرب و ممشا مخالف، اما از لحاظ تعامل سیاسی، اجتماعی، رفاقتی، با هم مأنوس؛ همدیگر را تحمل می‌کردند. در قم باید این جوری باشد. یک نفری نظر فقهی می‌دهد، نظر شاذی است. خیلی خوب، قبول ندارید، کرسی نظریه‌پردازی تشکیل بشود و مباحثه بشود؛ پنج نفر، ده نفر فاضل بیایند این نظر فقهی را رد کنند با استدلال؛ اشکال ندارد. نظر فلسفی داده می‌شود همین جور، نظر معارفی و کلامی داده می‌شود همین‌جور، مسئله‌ی تکفیر و رمی و این حرف‌ها را بایستی از حوزه ور انداخت؛ آن هم در داخل حوزه نسبت به علمای برجسته و بزرگ؛ یک گوشهای از حرفشان با نظر بنده حقیر مخالف است، بنده دهن باز کنم رمی کنم؛ نمی‌شود این جوری، این را باید از خودِ داخل طلبه‌ها شروع کنید. این یک چیزی است که جز از طریق خود طلبه‌ها و تشکیل کرسی‌های مباحثه و مناظره و همان نهضت آزاد فکری و آزاداندیشی که عرض کردیم، ممکن نیست. این را عرف کنید در حوزه‌ی علمیه؛ در مجلات، در نوشته‌ها گفته شود.(160)