وقتى بر اساس اراده الهى حكومت اسلامى تشكیل شد، باید احكام و قوانین اسلامى در جامعه اجرا گردد و به مانند حكومت‌هاى دیگر در مواردى باید از قوه قهریه استفاده كرد، حكومت باید از ابزارهاى لازم جهت برخورد با متخلّفان برخوردار باشد، باید براى متخلّفان و مجرمان زندان، جریمه و مجازات در نظر بگیرد و باید از نیروهاى نظامى و انتظامى‌جهت مبارزه با دشمنان خارجى و سركوب آشوبهاى داخلى استفاده كند؛ و حكومت نمى‌تواند تنها به توصیه اخلاقى اكتفا كند. حاكمى كه از قوه قهریه برخوردار نیست و فقط به توصیه و تذكر اكتفا مى‌كند، معلم اخلاق است نه حاكم!
( صفحه 218 )
پس از آن كه حكومت اسلامى و حكومت حقّى تشكیل شد و مردم آن حكومت را پذیرفتند و با آن بیعت كردند و حكومت مشغول اجراى احكام و قوانین اسلامى و رسیدگى به امور كشور و مردم گردید، اگر كسانى آشوب و شورش كردند، باید با آنها مبارزه كرد. چنانكه در فقه اسلامى آمده است كه در برابر آشوبگران كه اصطلاحاً «اهل بغى» نامیده مى‌شوند، جهاد واجب است. چنانكه على(علیه السلام) با آشوبگران مبارزه كرد و آنها را سرجاى خود نشاند.
على(علیه السلام) پس از رحلت پیامبر كه مردم حاضر نشدند با ایشان بیعت كنند و در نتیجه حكومت در اختیار دیگران قرار گرفت، به ارشاد و راهنمایى مردم پرداختند و در طول 25 سال این وظیفه را ادامه دادند و از حكومت كناره گرفتند. اما وقتى جمعیت انبوهى از نقاط گوناگون كشورهاى اسلامى، مثل مصر و عراق و نیز مردم مدینه، اطراف منزل ایشان جمع شدند و با ایشان بیعت كردند و حاضر شدند ایشان را به عنوان امام و مقتداى خویش بپذیرند، حضرت حجّت را بر خود تمام دیدند و حكومت بر مردم را پذیرفتند. چون با وجود آن جمعیت عظیم و بیعت آنان كه در تاریخ اسلام بى‌نظیر بود، توجیهى براى كناره‌گرفتن از حكومت باقى نماند و ایشان مجبور شدند كه حكومت را بپذیرند؛ با این كه هیچ علاقه‌اى به حكومت بر مردم نداشتند و تنها احساس وظیفه الهى در پرتو بیعت مردم موجب پذیرش حكومت از سوى ایشان گردید، چنانكه فرمودند:
«أَمَّا وَالَّذِى فَلَقَ الْحَبَّةَ وَ بَرَأَ النَّسَمَةَ لَوْلاَ حُضُورُ الْحَاضِرِ وَقِیامُ الْحُجَّةِ بِوُجُودِ النّاصِرِ، وَمَا أَخَذَ اللَّهُ عَلَى الْعُلَمَاءِ أَنْ لاَ یُقَارُّوا عَلَى كِظَّةِ ظَالِم وَ لاَ سَغَبِ مَظْلُوم لاََلْقَیْتُ حَبْلَهَا عَلَى غَارِبِهَا وَ لَسَقَیْتُ آخِرَهَا بِكَأْسِ اَوَّلِهَا وَ لأَلْفَیْتُمْ دُنْیَاكُمْ هذِهِ أَزْهَدَ عِنْدِى مِنْ عَفْطَةِ عَنْز...»(39)
به خدایى كه دانه را شكافت و جان را آفرید، اگر این بیعت‌كنندگان نبودند و یاران حجت بر من تمام نمى‌ساختند، و خدا علما را نفرموده بود تا ستمكار شكمباره را بر نتابند و به یارى گرسنگان ستمدیده بشتابند، رشته این كار را از دست مى‌گذاشتم و پایانش را چون آغازش مى‌انگاشتم، و چون گذشته خود را كنار مى‌كشیدم و مى‌دیدید كه دنیاى شما را به چیزى نمى‌شمارم و حكومت را پشیزى ارزش نمى‌گذارم.
( صفحه 219 )
چند صباحى كه از حكومت حضرت گذشت، دنیاپرستان و كسانى كه خواهان تبعیض و بى‌عدالتى بودند و خود را برتر از دیگران مى‌شمردند و تحمّل عدالت على(علیه السلام)را نداشتند و نیز كسانى كه در حكومت على(علیه السلام) مطامع شیطانى و حكومت غاصبانه و غیر مشروع خویش را در خطر مى‌دیدند و نیز انسانهاى به ظاهر زاهد و عابدى كه عارى از بینش و درك صحیح و روشن از محتواى اسلام بودند و سطحى‌نگرى و تحجّر آنان مانع از درك منطق قوى على(علیه السلام) گشته بود، گروهى پس از گروهى دیگر به آشوب و شورش پرداختند و جنگ جمل، صفّین و در نهایت جنگ نهروان را بر حضرت تحمیل كردند. اینجا حضرت به عنوان حاكم اسلامى كه حكومت و احكام و قوانین الهى را در خطر مى‌دید چه وظیفه‌اى داشت؟ آیا حضرت باید دست روى دست مى‌گذاشت و تماشا مى‌كرد و جلوى آشوبگران را نمى‌گرفت، چون خشونت محكوم و مذموم است؟
اما حضرت براى حفظ حكومت اسلامى و كیان اسلام شمشیر كشید و با یاغیان و سركشان جنگید و در جنگ جمل برخى از اصحاب پیامبر و حتّى طلحه و زبیر كه سالها در ركاب پیامبر شمشیر زده بودند، به قتل رسیدند. با این كه زبیر پسر عمه حضرت بود و به پاس جانفشانى‌ها و رشادت‌هایش در ركاب پیامبر، آن حضرت او را دعا كرده بودند. حضرت نفرمود: زبیر، تو پسر عمّه من هستى، بیا با هم دوست باشیم و من با تو كنار مى‌آیم و خواسته‌ات را تأمین مى‌كنم. بلكه حضرت بر این عقیده بود كه حكومتش بر حق است و كسانى كه به طغیان و سركشى و مخالفت با آن نظام بر مى‌خیزند، باید سركوب شوند. لذا وقتى به مخالفت و سركشى پرداختند، آنها را ارشاد و نصحیت كرد؛ وقتى نپذیرفتند، با شمشیر آنان را سر جاى خود نشاند و گروهى را به قتل رساند. چرا كه حضرت حق خدا و مسلمانان را بالاتر از مطامع شخصى افراد مى‌دید و براى حفظ نظام اسلامى لازم دید كه خشونت نشان بدهد؛ چون براى حفظ نظام اسلامى اِعمال خشونت و شدّت عمل را واجب مى‌دانست.