با توجه به آن که خمیرمایه این تشکل را اعتقاد به ملیگرایی تشکیل میداد، جبهه ملی نه تنها با روحانیت و نیروهای مذهبی موافق نبوده، بلکه همواره سعی داشته آنها را از صحنههای سیاسی حذف نماید و دلیل آن هم اعتقاد به جدایی دین از سیاست در نزد این گروه میباشد.
مصدق که با حمایت آیةالله کاشانی و نیروهای مذهبی از جمله فعالیتهای فدائیان اسلام به نخست وزیری رسید، مخالفتهای خود را با آیةالله کاشانی و نیروهای مذهبی تشدید نمود؛ تا سرانجام این ماجرا به کودتای 28 مرداد ختم شد. پس از کودتای ننگین آمریکایی تا سال 1339 تشکیلاتی به این نام در صحنه سیاسی حضور نداشت.
با اوجگیری اختلافات در درون جبهه ملی در طی این سالها، که ناشی از قدرتطلبی بود، جبهه ملی دومی شکل گرفت که منجر به طرد مصدق از رهبری آن شد و مصدق از آن پس به سوی نهضت به اصطلاح آزادی گرایش بیشتری پیدا کرد. در مقطعی که جبهه ملی و ملیگراها در حال استحاله شدن در نظام شاهنشاهی بودند، مجاهدتهای امام خمینی (قدس سره) که از سال 1341 شروع شده بود، آثار خود را در ملت مسلمان ایران نمایان ساخت و نهضت اسلامی وارد مرحلهای جدید شد.