بخش دیگر عملیات براندازی نظامی، ترور یا قتل سیاسی نام دارد. با این شیوه قهرآمیز و در اثر حذف فیزیکی عناصر کار آمد و طراحان فکری نظام، خلاءهای جدی در ارکان حساس یک کشور به وجود آمده و بدین ترتیب موجبات سقوط نظام سیاسی را فراهم مینمایند.
اولین ترور پس از پیروزی انقلاب اسلامی در تاریخ 3/2/1358 توسط گروهک فرقان انجام شد و سپهبد قرنی (رئیس ستاد مشترک ارتش) به شهادت رسید، سپس استاد مطهری (اولین رئیس شورای انقلاب) توسط همان گروهک در تاریخ 12/2/1358 به شهادت رسید. شهدای محراب، شهدای هفتم تیر، شهدای هشتم شهریور و... از جمله قربانیان تروریسم بودند که توسط منافقین به شهادت رسیدند.
حجم این ترورها چنان بیسابقه بود که یکی از نشریات خارجی بعد از واقعه هفتم تیر نوشت:
در تاریخ، چنین واقعهای بسیار مشکل به نظر میرسد که در آن بسیاری از رهبران سیاسی در یک زمان به قتل برسند(5)