محدث قمی به توصیه حضرت آیة الله حاج آقا حسین قمی رضوان الله علیه داماد مرحوم آیة الله حاج آقا احمد طباطبائی قمی برادر بزرگ آیة الله حاج آقا حسین قمی شد و فرزندان شایسته او ثمره این ازدواج میباشند.
محدث قمی چهار فرزند داشت؛ دو پسر و دو دختر: فرزند ارشد آن مرحوم، واعظ دانشمند مرحوم حجة الاسلام و المسلمین حاج میرزا علی آقا محدث زاده در سال 1338 قمری متولد گردید. او که تصحیح و مقابله و چاپ برخی از آثار پدر را به عهده گرفت، در روز یازدهم محرم 1396 قمری در تهران به رحمت ایزدی پیوست. پیکر آن مرحوم با احترام به شهر مقدس قم حمل و در قبرستان شیخان مدفون شد. از آن مرحوم پنج فردند باقی ماند: فاضل محترم جناب آقای حسین محدث زاده، آقای مهندس عباس محدث زاده و آقای دکتر حسن محدث زاده و دو دختر.
فرزند ذکور دیگرش حجة الاسلام و المسلمین حاج میرزا محسن آقا محدث زاده از علماء و روحانیون تهران میباشد. او نیز در احیاء آثار پدر نقش مؤثری داشته و دارد. فرزندان ایشان عبارتند از: جناب آقای شیخ مهدی محدث زاده و آقای دکتر محمد رضا محدث زاده و آقای امیر حسین محدث زاده (که به تحصیل علوم دینی سرگرمند).
داماد بزرگ مرحوم محدث قمی جامع المعقول و المنقول مرحوم آقای حاج آقا مصطفی طباطبائی قمی نیز از وعاظ و روحانیون محترم تهران بودند که چهار فرزند ذکور داشتند: مرحوم آقای سید محمد طباطبایی و آقایان سید احمد و سید امیر و سید علیرضا و دو دختر که یکی از ایشان در حادثه تصادف از دنیا رفتند.
داماد دیگر ایشان آقای حاج سید حسین ماهوتچی از مردان خیر و خدمتگزار بود. ایشان دارای فرزند نمیباشند.