در روز بیست و پنجم سال 94 (نود و چهار) به قول شیخین و کفعمی و غیره، و به قول شیخ شهید در روز دوازدهم سال 95 (نود و پنجم) که آن سال را سنه الفقهاء میگفتند حضرت امام زین العابدین علیهالسلام از دنیا رحلت فرمود و قاتل آن حضرت را ولید بن عبد الملک گفتهاند و روایت شده که در شب وفاتش آب برای وضو طلبید و چون آب برایش آوردند فرمود: در این آب میته است وقتی که آب را نزدیک چراغ بردند و نگاه کردند موش مردهای در آن بود آن را ریختند و آب دیگری برایش آوردند، پس خبر از فوت خود داد و در همان شب حالت اغمائی برایش روی داد، چون به هوش آمد سوره واقعه و انا فتحنا را خواند و فرمود:الحمدلله الذی صدق وعده و اورثنا الارض نتبوء من الجنه حیث نشاء فنعم اجر العاملین.و در وقت وفات حضرت امام محمد باقر علیهالسلام را به سینه خود چسبانید و این وصیت را که پدر در وقت شهادت به او فرمود بود، بیان نمود که: زنهار ستم مکن بر کسی که یاوری در مقابل تو به غیر از خدا نداشته باشد و روایت است که کلمات ذیل را مکرراً میفرمود تا وفات فرمود:اللهم ارحمنی فانک کریم، اللهم ارحمنی فانک رحیم.(یعنی، خدایا به من رحم نما به یقین تو کریم و بزرگوار هستی، خدایا به من رحم نما به یقین تو مهربان هستی) و بعد از وفات تمامی مردم بجز سعید بن مسیب بر جنازه آن جناب حاضر شدند و بر او نماز گزاردند و آن حضرت را به بقیع برده و در کنار عمویش امام مجتبی (علیه السلام) دفن نمودند و چون جسد مبارکش را از برای غسل برهنه کردند و بر مغتسل نهادند بر پشت مبارکش از انبانهای طعام و سایر چیزها که بر دوش کشیده بود و برای فقرا و ارامل (82) و ایتام برده بود اثرها دیدند که مانند زانوی شتر پینه بسته بود و آن جناب را ناقهای بود که بیست و دو مرتبه با او به سفر حج رفته بود و یک تازیانه بر او نزده، بود و بعد از دفن آن حضرت آن ناقه از مکان خود بیرون آمد و به نزدیک قبر آن جناب رفت بی آنکه آن قبر را دیده باشد و سینه خود را بر آن قبر گذاشت و فریاد و ناله کرد و آب از دیدگان خود ریخت، خبر به حضرت باقر علیهالسلام دادند، تشریف آورد و به شتر فرمود: ساکت شو و برگرد خدا برای تو برکت دهد، شتر به جای خود برگشت و بعد از اندک زمانی به نزد قبر آمد و باز شروع به ناله و اضطراب کرد و تا سه روز این چنین بود تا هلاک شد.